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Einen Analyse-Job starten

1. Starten Sie GeneStrip Web.
2. Klicken in der Web-Oberfläche Sie auf den Reiter Jobs.
3. Klicken Sie unter Job bearbeiten: rechts unten auf Knopf Neu.
4. Geben Sie bei Name: einen Namen für den neuen Job ein.
5. Wählen Sie unter Für Datenbank: eine installierte Datenbank zur Analyse aus.
6. Wählen Sie bei Job-Typ: den Typ Analyse von Upload-Datei(en) aus (sofern diese nicht bereits vorausgewählt ist).
7. Die Checkbox unter Mit Read-Klassifikation: brauchen Sie als Einsteiger nicht anzuhaken. Sie liefert erweiterte Ergebnisse, die ein Einsteiger zunächst vernachlässigen mag.
8. Klicken Sie auf Dateien auswählen..., um eine oder mehrere fastq-Dateien zur Analyse auszuwählen. Wenn Sie mehrere Dateien auswählen, werden diese gemeinsame analysiert und entsprechende Daten in einem Ergebnis zusammengefasst. fastq-Dateien haben die Endung .fq, .fq.gz, .fastq oder .fastq.gz. Falls Sie andere Dateien auswählen, die nicht dem fastq-Format entsprechen, liefert die nachfolgende Analyse einen Fehler.
9. Drücken Sie auf Speichern. Der Knopf Start wird nun grün und kann angeklickt werden.
10. Drücken Sie Starten, um die Analyse zu starten.

Gestartete Analyse-Jobs

Mit Drücken von Starten beginnt nach einigen Sekunden der Analyse-Job. Dabei wird zunächst die passende Datenbank in den Hauptspeicher geladen, sofern sie nicht bereits für den vorausgehenden Analyse-Job benötigt wurde. Das Laden kann je nach größe der Datenbank einige Sekunden bis viele Minuten dauern. Wichtig: In dieser Phase ist kein Arbeitsfortschritt in der Web-Oberfläche für Sie erkennbar.

Erst danach werden die fastq-Dateien verarbeitet. Das System zeigt dabei in den Job-Details den Arbeitsfortschritt in Zeit sowie bezüglich der verarbeiteten Datenmenge an und schätzt die noch benötigte Zeit. Je nach Größe der fastq-Dateien und vorhandener Rechenressourcen kann die Verarbeitung Minuten bis einige Stunden benötigen.

Wichtig: Solange ein Analyse-Job vom Typ Analyse von Upload-Datei(en) noch läuft, dürfen Sie

• den Browser nicht schließen,
• das Browser-Tab mit der Web-Oberfläche von Genestrip Web nicht schließen oder
• Ihren Rechner nicht ausschalten und nicht in den Ruhemodus versetzen.

Ansonsten wird die Analyse automatisch abgebrochen, und Sie erhalten kein Ergebnis, sondern eine Fehlermeldung, denn das entsprechende Browser-Tab ist bei der Verarbeitung für das Lesen der fastq-Dateien zuständig und gibt diese an Genestrip Web weiter, bis alle Daten verarbeitet wurden.

Wenn der Analyse-Job fertig ist, können Sie das Ergebnis mit Ansehen... in Genestrip Web als Tabelle im Browser öffnen. Alternativ können Sie eine entsprechende CSV-Datei mit dem gleichen Inhalt über den Link daneben herunterladen.

Für einen gestarteten Analyse-Job wechselt der Knopf Starten zu Stoppen. Mit Stoppen können Sie den gestarteten Job jederzeit abbrechen; er lässt sich danach jedoch nicht mehr fortsetzen.

Wichtig: In Genestrip Web kann zu einem Zeitpunkt immer nur ein einziger Job vom Typ Analyse von Upload-Datei(en) gestartet sein.

Abgebrochene Jobs und Logs

Ein fehlgeschlagener oder abgebrochener Analyse-Job hat den Status Abgebrochen. Unter Log: können Sie für den ausgewählten Job die entsprechenden Ausgaben des Kernsystems ansehen und herunterladen. Logs werden übrigens auch für fertige bzw. gestartete Jobs angeboten.

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