Ergebnisse ansehen

Ergebnistabelle öffnen

Zum Ansehen von Ergebnissen eines Analyse-Jobs:

  1. Wählen Sie einen fertigen Analyse-Job im Reiter Jobs aus.
  2. Klicken Sie unter Job bearbeiten: neben dem Text Resultat: auf den Knopf Ansehen....
  3. Es öffnet sich ein Browser-Tab mit den Ergebnissen als Tabelle. Alternativ kann durch den Link neben Ansehen... eine CSV-Datei mit den entsprechenden Ergebnissen heruntergeladen werden.

Wichtige Tabelleninhalte

Die Tabelle im Browser enthält einen Eintrag für jeden Organismus, für den es mindestens einen Treffer gab. Ein Treffer ist dabei eine Basensequenz der Länge 31, die eindeutig zum Genom des entsprechenden Organismus gehört.

Die Tabelle enthält u.a. folgende wichtige Spalten:

  • Pos. dient zur Sortierung der Organismen vornehmlich nach Verwandtschaft.
  • Level ist die Tiefe des Eintrags im Taxonomiebaum.
  • Name ist der Name des Organismus.
  • Rang ist der biologische Rang der Organismus. Typischerweise sind die Ränge genus, species und strain von Bedeutung, um Organismen eindeutig zu identifizieren. Höhere Ränge wie order, class oder phylum etc. fassen hingegen zu viele verwandte Arten zusammen. Eine Ausnahme bilden die Viren, die zum Teil nicht (klar) in Rängen strukturiert sind.
  • Tax Id ist die eindeutige Kennnummer eines Organismus aus der weltweit genutzten Standardtaxonomie des NCBI.
  • k-Mere gibt die Anzahl der Treffer als sogenannte k-Mere für den entsprechenden Organismus an. Wichtig: Geringe Werte lassen meist nicht auf das Vorhandensein des betreffenden Organismus in der Probe schließen. Geringe Werte können stattdessen z.B. durch Fehler oder Artefakte bei der DNA-Sequenzierung bedingt sein. Bei “echten Treffern” liegt die Anzahl k-Mere typischerweise mindestens 2 bis 3 Größenordnungen über dem Wert von “falschen Treffern”.
  • Eindeutige k-Mere gibt die Anzahl der verschiedenen Treffer für den enstprechenden Organismus an. Im Gegensatz zu k-mere sind hier also mehrfache Zählungen als Treffer der gleichen Basensequenz eliminiert. Der Wert sollte (außer bei Viren) nicht deutlich kleiner sein als der Wert bei k-Mere. Ansonsten sind die beiden Werte inkonsistent, und es lassen sich keine Rückschlüsse auf das Vorhandensein des entsprechenden Organismus in der Probe ziehen.
  • Eind. K-Mere / Erw. ist ein Maß für die Konsistenz der Werte Eindeutige k-Mere und k-Mere. Es liegt normalerweise zwischer 0 und 1. Ein Ergebnis nahe 1 spricht für eine hohe Konsistenz. Ein Ergebnis deutlich kleiner als 1 spricht für eine niedrige Konsistenz - dies gilt auch für Viren.
  • Max C.länge ist die Länge der längsten Sequenz in *k"-Meren (ein sogenanntes “Contig”), die eindeutig dem Organismus zugeordnet werden kann. Ein Wert von 1 entspricht 31 Basen, also einem k-Mer, 2 entspricht 32 Basen, also 2 konsekutiven k-Meren usw. Werte deutlich über 1 sprechen zusätzlich für das Vorhandensein des entsprechenden Organismus in der Probe.

Alles Weitere zu den Tabellenspalten

Die README-Datei von Genestrip enthält eine detaillierte, fachliche Beschreibung aller Tabellenspalten einer entsprechenden CSV-Datei in englisch.

Zu “Weitere Informationen” …